Prof. Dr. Mesut Güner, 1967 yılında Malatya’da doğdu. İstanbul Teknik Üniversitesi Gemi İnşaatı ve Deniz Bilimleri Fakültesi Gemi İnşaatı Mühendisliği Bölümü’nden 1988 yılında mezun oldu.
Mesut Güner, İngiltere Newcastle Üniversitesi'ndeki yüksek lisans eğitimini 1989 yılında, doktora eğitimini ise 1994 yılında tamamladı. Akademik kariyerine Yıldız Teknik Üniversitesi'nde Yrd. Doçent olarak başlayan Prof. Dr. Güner, aynı üniversitenin Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Bölümü’nde 2001 yılında Profesör oldu.
Endüstriyel projelerde koordinatör ve danışman olarak önemli görevler üstlenen Prof. Dr. Mesut Güner, bugüne kadar birçok firmada yönetim kurulu üyeliği yaptı. Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) üyeliği, rektör yardımcılığı, vakıf üniversitesinde kurucu rektörlük, teknoloji transfer ofisi koordinatörlüğü, senatörlük ve üniversite yönetim kurulu üyeliği gibi birçok önemli görevde bulundu.
2016-2020 yılları arasında YTÜ Yıldız Teknopark A.Ş.'de genel müdürlük ve yönetim kurulu üyeliği görevlerini yürüten Prof. Dr. Mesut Güner, 2016-2022 yılları arasında YÖKAK kapsamında takım başkanı olarak birçok üniversitenin dış değerlendirme süreçlerine katıldı.
2021-2022 yılları arasında Ankara Üniversitesi Teknokent Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini üstlenen Prof. Dr. Mesut Güner, 2022-2024 yılları arasında ise Alanya Üniversitesi Rektörü olarak görev yaptı. 2024 yılı Eylül ayında TÜBİTAK Başkan Yardımcılığı görevine atanan Prof. Dr. Mesut Güner, Eylül 2024 tarihi itibarıyla getirildiği YTÜ Teknopark Yönetim Kurulu Üyeliği görevini de sürdürmektedir.